Baitul Arqam adalah suatu bentuk Pembinaan di Muhammadiyah yang berorientasi pada pembinaan ideologi keislaman dan kepemimpinan. Tujuan kegiatan Baitul Arqam adalah untuk meningkatkan pemahaman keislaman, menciptakan kesamaan dan kesatuan sikap, integritas, wawasan dan cara berpikir di kalangan anggota persyarikatan dalam melaksanakan misi Muhammadiyah.
SMA Muhammadiyah Kota Jayapura telah melaksanakan pertama kali kegiatan Baitul Arqam di Daerah Koya Kota Jayapura Papua. Lalu apada tahun 2021 kembali diadakan di Kota Jogyakarta dengan diikuti oleh seluruh Dewan Guru dan Staf.
Alhamdulillah di Tahun 2024 ini SMA Muhammadiyah Kota Jayapura kembali melaksanakan keiatan ini dengan tema BAITUL ARQOM ON THE ROAD MAKASSAR 2024 yang juga dirangkaikan dengan kunjungan ke SMA Negeri 21 dan SMA Negeri 4 Makassar sebagai salah satu Sekolah Penggerak Terbaik di Sulawesi Selatan.
Tepat hari Senin 24 Juni 2024 kegiatan BAITUL ARQOM Makassar resmi dibuka oleh Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Provinsi Sulawesi Selatan yang diwakilkan ole Dr. Mawardi Paewangi, M.Pd.I yang juga selaku Wakil Rektor 4 Universitas Muhammadiyah Makassar. Kegiatan ini dilaksanakan di Hotel Sultan Alauddin Pettarani Makassar.
